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5 mars 2017 7 05 /03 /mars /2017 00:04

La technologie de la société IceCure détruit les tumeurs du sein en les congelant dans des boules de glace.

Maintenant, l’entreprise a jeté son dévolu sur un autre tueur, le cancer du poumon.

La société biomédicale israélienne qui a lancé l’application de la cryoablation (un processus qui utilise un froid extrême pour geler et détruire les tissus malades) en tant que traitement pour des tumeurs bénignes du sein (fibroadénomes), a l’intention de développer sa technologie pour le traitement du cancer du poumon, avec un nouvel essai clinique qui sera expérimenté au Japon.

« Cette étude, qui est entièrement financée par le Medical Center Kameda au Japon, pourrait ouvrir la voie à IceCure à utiliser sa technologie de cryoablation dans les tumeurs du cancer du poumon, en plus des applications commerciales actuelles pour le traitement des tumeurs bénignes du sein et l’utilisation d’investigation pour les petits cancers du sein « a déclaré Hezi Himelfarb, le président et chef de la direction d’IceCure.

Un moyen éprouvé pour détruire les tumeurs du sein IceCure a reçu l’approbation de la FDA pour son système de cryoablation, IceSense3, pour traiter les fibroadénomes et de petites tumeurs malignes du sein.

La procédure est peu invasive, prend environ 15 minutes et ne nécessite aucune anesthésie locale.

IceSense3 utilise l’imagerie par ultrasons pour guider une aiguille creuse dans la masse ou une tumeur.

La partie distale de l’aiguille est alors refroidie à – 274F (- 170C) à travers l’utilisation de l’azote liquide, qui envahit la tumeur en une boule de glace et détruit les cellules cibles.

Aucune procédure supplémentaire n’est nécessaire et le corps résorbe automatiquement les cellules mortes au fil du temps.

Selon IceCure, sa procédure aboutit à un résultat plus esthétique que la chirurgie qui peut laisser de grandes cicatrices.

Le Docteur Eisuke Fukuma, président du Centre du sein à Kameda Medical Center, explique :

» la cryoablation offre une option de traitement beaucoup plus confortable et esthétiquement attrayante pour les petits cancers du sein.

Le système IceSense3 fournit un traitement ciblé plus efficace pour détruire complètement la tumeur« .

La lutte contre le cancer le plus meurtrier Selon l’American Cancer Society, le cancer du poumon est la principale cause de décès par cancer des hommes et des femmes aux États-Unis, plus que les trois cancers combinés (côlon, sein et de la prostate).

L’étude clinique sera dirigée par le Dr Akihiko Takeshi, le président du département de chirurgie thoracique à Kameda Medical Center, et IceCure médical déterminera son implication dans le traitement du cancer du poumon par cryoablation selon les résultats de l’étude. Adam Van Heerden

– Source : nocamels.com –

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4 mars 2017 6 04 /03 /mars /2017 23:47

Les radiologues remplacés par des algorithmes?

Un article scientifique paru dans le prestigieux New England Journal of Medicine fait, depuis, trembler le monde des radiologues.

Ecrit par le Dr Obermeyer, de la Harvard Medical School, et son collègue Emanuel, de l’Université de Pennsylvanie, il décrit comment les nouvelles techniques de l’intelligence artificielle, qui s’appuient sur le big data et le machine learning, vont remplacer très avantageusement, à terme, les médecins radiologues, en fournissant analyses et diag­nostics en temps réel et sans beaucoup de frais!

C’est sans doute par là que tout va commencer.

La médecine est à la veille d’une révolution sans précédent: celle du numérique (digital health).

La radiologie qui, aujourd’hui, coûte beaucoup d’argent au système de santé, est une cible privilégiée des innovateurs du digital health.

En effet, lorsque vous voulez pénétrer un métier, celui de la médecine en l’occurrence, autant commencer là où il y a des marges, de grosses marges.

Ainsi, si vous entrez dans le champ des radiologues et que vous pouvez offrir un meilleur service tout en cassant les coûts, alors vous êtes sûr d’obtenir un large soutien… notamment de la population, et des politiques par conséquent.

C’est certainement comme cela que tout va commencer pour la réduction des coûts tant attendue dans le système de santé.

L’analyse des images est le champ d’activité de prédilection pour les algorithmes auto-apprenants, car ces dernières sont excellentes dans la reconnaissance de formes.

Le suisse Reto Wyss, de la start-up ViDi, à Fribourg, en est d’ailleurs l’un des représentants les plus talentueux.

Mondialement connu, il fait lire et interpréter à ses algorithmes autoapprenants à peu près n’importe quelle vidéo.

Chercher une pièce défectueuse à la sortie d’une chaîne de production ou un globule blanc anormal au milieu de milliers d’autres fait partie de ses prouesses.

Alors imaginez analyser une radio… un jeu d’enfant!

Ces algorithmes ne sont pas de type systèmes experts comme jusqu’alors, car ils ne fonctionnent pas sur une expertise préétablie et normalisée dans des bases de données.

Non, ils ne cessent d’apprendre et de se perfectionner avec le flux constant de big data provenant de milliers d’expériences, car plus vous les alimentez en données provenant de cas concrets, plus ils s’améliorent.

Ils finissent par fonctionner parfaitement. Ce sera fatal à l’être humain, qui atteint finalement toujours assez vite ses limites, contrairement à ce type de «machine».

Le machine learning, nom donné à cette discipline de l’intelligence artificielle, n’a pas fini de transformer notre monde car, dès le moment où vous avez besoin d’analyser et/ou d’interpréter des images numérisées, personne au monde n’est meilleur ni plus rapide que ces machines intelligentes et virtuelles.

Ainsi, la médecine fera de plus en plus appel à ces techniques et donc, demain, des métiers vont changer drastiquement, voire disparaître simplement, comme celui des radiologues!

Personne ne va pleurer la fin des radiologues, ni même celle des notaires (qui eux seront anéanti par les blockchains comme nous l’avions montré dans une chronique précédente) … mais il serait bon tout de même de faire un bilan prévisionnel de ce qui pourrait se passer à terme dans le système médical.

En effet, on est peut-être dans ce domaine à l’aube de l’une des plus grandes révolutions humaines: celle du digital! … et c’est primordial de s’y intéresser car celle-ci concerne quand même nos vies.

4 mars 2017

Références: NEJM, 29 septembre, 2016, Vol. 375:13, pp. 1,216-1,219

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4 mars 2017 6 04 /03 /mars /2017 20:19

Agents bactériens retrouvés dans 248 tiques retirées de personnes de 2002 à 2013.

Aubry C, et al. Tiques Tick Borne Dis. 2016.

Une étude rétrospective a été menée pour analyser les espèces de tiques retirées de la population et pour détecter les bactéries infectant les tiques dans les spécimens recueillis au cours des 10 dernières années au centre de référence des rickettsioses de Marseille.

Au total, 248 tiques ont été retirées de 200 personnes, dont Dermacentor (73), Rhipicephalus (67), Ixodes (60), Amblyomma (8), Argas (3), Hyalomma (1) et Haemaphysalis (1).

L'ADN bactérien a été détecté chez 101 tiques:

Rickettsia slovaca (34%) et

Rickettsia raoultii (23%)

ont été détectées chez des tiques Dermacentor;

Rickettsia conorii (16%) et

Rickettsia massiliae (18%) ont été retrouvées chez les tiques de Rhipicephalus;

Et Anaplasma phagocytophylum (5%),

Borrelia spp. (8%) et

Rickettsia spp. (2%) ont été détectés dans les tiques Ixodes.

Parmi les personnes mordues pour lesquelles des données cliniques et des échantillons de laboratoire étaient disponibles, les maladies transmises par les tiques ont été confirmées chez 11 individus symptomatiques.

2016

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1877959X16300176?via%3Dihub

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4 mars 2017 6 04 /03 /mars /2017 20:11

Découverte : Nouvelle espèce Rickettsia dans les tiques molles Ornithodoros hasei collectées à partir de chauves-souris en Guyane française

Djamel TahirCristina Socolovschi Philippe Parola

Une nouvelle Rickettsia a été détectée chez les tiques Ornithodoros hasei se nourrissant de chauves-souris Noctilio albiventris. •

Le séquençage et l'analyse phylogénétique ont révélé que cette nouvelle espèce de Rickettsia est génétiquement très proche de Rickettsia peacockii.

• C'est le premier rapport qui montre la présence d'acide nucléique de Rickettsia sp.

Dans Ornithodoros hasei tiques de chauves-souris sud-américaines. •

Candidatus Rickettsia wissemanii est proposé pour nommer ce microorganisme.

En Guyane, située sur la côte nord-est de l'Amérique du Sud, les chauves-souris de différentes espèces sont très nombreuses.

L'infection des chauves-souris et de leurs tiques par les bactéries zoonotiques, en particulier les espèces de Rickettsia, est jusqu'ici inconnue.

Afin d'améliorer la connaissance de ces agents pathogènes zoonotiques dans ce département d'outre-mer français, la présence et la diversité des bactéries à tiques ont été étudiées avec des outils moléculaires chez les tiques de chauve-souris.

Au début de 2013, 32 chauves-souris ont été capturées à Saint-Jean-du-Maroni, une zone proche de la côte de la Guyane française, et les tiques de ces animaux ont été recueillies.

Un total de 354 larves de tiques molles Argasidae (Ornithodoros hasei) de 12 chauves-souris (Noctilio albiventris) ont été recueillies et 107 d'entre elles ont été analysées.

L'ADN a été extrait des échantillons et une PCR quantitative en temps réel a été réalisée pour détecter

Rickettsia spp.,

Bartonella spp.,

Borrelia spp. Et

Coxiella burnetii.

Tous les échantillons testés étaient négatifs pour Bartonella spp., Borrelia spp. Et Coxiella burnetii.

L'ADN de Rickettsia a été détecté chez 31 (28,9%) tiques.

Une séquence presque entière (1118 paires de bases) du gène gltA a été obtenue après amplification de certains échantillons positifs sur PCR classique et séquençage.

Un arbre bayésien a été construit en utilisant des séquences concaténées rrs, gltA, ompA, ompB et gène D.

L'étude des séquences caractéristiques montre que cette espèce de Rickettsia est très proche (98,3-99,8%) génétiquement de R. peacockii.

Néanmoins, l'analyse comparative des séquences obtenues à partir des fragments gltA, ompA, ompB, rrs et gène D a démontré que cette Rickettsia est différente des autres membres du groupe de fièvre tachetée.

Les séquences de cette nouvelle espèce ont été déposées dans GenBank sous le nom de Candidatus Rickettsia wissemanii.

C'est le premier rapport qui montre la présence d'acide nucléique de Rickettsia dans les tiques Ornithodoros hasei de chauves-souris sud-américaines.

Mots clés Rickettsia spp.BatFrench GuianaTickOrnithodoros hasei Candidatus Rickettsia wissemanii

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4 mars 2017 6 04 /03 /mars /2017 20:05

Un nouvel agent ehrlichial détecté chez la tique en Polynésie française.

Laroche M, et al. Tiques Tick Borne Dis. 2016.

Les tiques sont des arthropodes hématophages qui sont connus pour héberger et transmettre divers agents pathogènes, y compris les bactéries zoonotiques.

Le but de cette étude était d'étudier la présence de microorganismes associés à la tique à Tahiti, en Polynésie française, avec des outils moléculaires.

Un total de 658 tiques de deux espèces, y compris Rhipicephalus sanguineus s.l. Et Rh. Annulatus ont été recueillis avec des pinces sur les chiens et le bétail respectivement, ou avec un drapeau sur le pâturage dans plusieurs endroits de Tahiti en 2013.

Deux Rickettsia appartenant à la fièvre tachetée différent de R. conorii et R. massiliae ont été détectés par qPCR dans deux Rh. Sanguineus s.l.

Mais le séquençage a échoué.

Un Rh. Annulatus tick a été trouvé positif pour un nouvel agent ehrlichial caractérisé par l'amplification et le séquençage de fragments des gènes

Anaplasmataceae 23S et Ehrlichia 16S.

Les analyses phylogénétiques basées sur les séquences 23S et 16S révèlent que cette bactérie est un nouveau génotype, génétiquement proche d'Ehrlichia minasensis, récemment décrit Ehrlichia sp.

Tout près de Ehrlichia canis.

2016 Elsevier GmbH. PMID 27522945 [PubMed - in process]

Texte intégral

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1877959X16301194?via%3Dihub

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4 mars 2017 6 04 /03 /mars /2017 19:55

Polyneuropathie démyélinisante chronique inflammatoire associée à Rickettsia conorii: Premier cas rapporté

D Tzanetakos, M Papadopouloucorrespondence, D Kanellopoulos, M Mamali, M Safarikas, D Katsianos, V Zisimopoulou

Publié en ligne: 13 octobre 2016

score altmetrique de 1 DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.jns.2016.10.015

• L'infection à Rickettsia, bien qu'elle soit endémique dans les pays méditerranéens, est sous-déclarée.

• Les manifestations neurologiques sont une complication rare de l'infection à Rickettsia conorii.

• L'atteinte du système nerveux périphérique est rare après une infection par Rickettsia conorii.

• Les patients qui ont finalement reçu un diagnostic de PICD peuvent avoir un début aigu ressemblant au SGB. •

L'infection à Rickettsia conorii devrait être incluse parmi les causes du SGB et du PIDC.

• L'infection à Rickettsia, bien qu'endémique dans les pays méditerranéens, est sous-déclarée • Les manifestations neurologiques sont une complication rare de l'infection à Rickettsia conorii •

L'atteinte du système nerveux périphérique est rare après une infection à Rickettsia conorii.

L'infection à Rickettsia conorii devrait être incluse parmi les causes du SGB et du PIDC.

Mots clés: Polyneuropathie démyélinisante inflammatoire chronique, Rickettsia conorii, maladie transmise par les tiques

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4 mars 2017 6 04 /03 /mars /2017 19:47

Nécrose hépatique et inflammation systémique létale dans un modèle murin de l'infection à Rickettsia typhi: rôle des neutrophiles, des macrophages et des cellules NK.

Papp S, et al. PLoS Negl Trop Dis. 2016.

Rickettsia (R.) typhi est l'agent causal du typhus endémique, une maladie fébrile naissante qui est associée à des complications telles que la pneumonie, l'encéphalite et le dysfonctionnement hépatique.

Afin d'élucider comment les mécanismes immunitaires innés contribuent à la défense et à la pathologie, nous avons analysé ici l'infection par R. typhi de souris SCID CB17 qui sont congéniques à des souris BALB / c mais manquent d'immunité adaptative.

Les souris SCID CB17 ont succombé à une infection par R. typhi dans les 21 jours et ont montré une forte charge bactérienne dans la rate, le cerveau, les poumons et le foie.

Les modifications pathologiques les plus évidentes chez les souris SCID CB17 infectées par R. typhi étaient une nécrose massive du foie et une splénomégalie due à l'accumulation disproportionnée de neutrophiles et de macrophages (MΦ).

Les deux neutrophiles et MΦ ont infiltré le foie et ont abrité R. typhi.

Les deux populations de cellules expriment l'iNOS et produisent des espèces réactives d'oxygène (ROS) et présentent ainsi un phénotype inflammatoire et bactéricide.

De manière surprenante, l'épuisement des neutrophiles a complètement empêché la nécrose hépatique, mais n'a pas altéré la charge bactérienne ni protégé les souris SCID CB17 contre la mort.

En outre, l'absence de neutrophiles n'a eu aucun impact sur la réponse inflammatoire systémique écrasante chez ces souris.

Cette réponse était principalement dirigée par des cellules activées MΦ et NK, toutes deux exprimant l'IFNy et considérées comme la raison de la mort.

Enfin, nous avons observé que l'expression iNOS par MΦ et les neutrophiles ne corréla pas avec l'absorption de R. typhi in vivo.

De plus, nous démontrons que MΦ ne répond pas à R. typhi in vitro.

Ces résultats indiquent que R. typhi pénètre dans MΦ et aussi des neutrophiles non reconnus et que l'activation de ces cellules est médiée par d'autres mécanismes dans le contexte de lésions tissulaires in vivo.

PMID 27548618 [PubMed - en cours] PMCID PMC4993389

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4 mars 2017 6 04 /03 /mars /2017 19:36

Ces emballages qui nuisent à votre santé Les films plastiques, cartonnages et autres boîtes qui conditionnent nos aliments contiennent des substances chimiques nocives, dont certaines se retrouvent dans la nourriture.

Quels sont les risques pour les consommateurs?

Ils servent à contenir des vivres et à les protéger de toute dégradation ou d’une contamination extérieure.

Or pour ce faire, les emballages alimentaires sont constitués de matériaux dont certains composants chimiques peuvent migrer dans la nourriture.

Pire, sur ces boîtes, cartons et autres films plastiques sont imprimés des logos colorés, certes attirants pour les consommateurs, mais dont les encres peuvent aussi se diffuser dans le contenu.

Une étude du Food Packaging Forum (FPF) détaille ce phénomène.

Publiée le 28 février dans la revue Packaging Technology and Science, elle pointe certaines substances dont des phtalates, couramment utilisés pour assouplir les plastiques, et dont les effets sur certaines affections neurologiques sont redoutés.

Surtout, elle souligne à quel point les règlements européens ou nationaux peinent à réguler ce sujet.

Un phénomène qui «prend de l’ampleur» «La problématique n’est pas nouvelle mais prend de l’ampleur, commente le chimiste cantonal genevois Patrick Edder.

Dans bien des cas, on doit avouer notre ignorance quant au danger que peut représenter la présence de certaines substances dans les aliments, et cela me gène.»

En 2012, celles pouvant passer de l’emballage au produit étaient estimées à 100 000 selon Tabula, la revue de la Société suisse de nutrition; 1500 d’entre elles à ce jour ont été certifiées comme toxiques.

«Chercheurs, contrôleurs des denrées, législateurs, fabricants d’emballages, imprimeurs et conditionneurs ont bien conscience de la nécessité d’agir.

Mais les connaissances et des solutions techniques réalistes et durables manquent encore», résumait la diététicienne Muriel Jaquet dans la même publication.

En 2014, le FPF a donc passé au crible les listes existantesdes substances possiblement concernées.

Ces scientifiques ont identifié 175 composants chimiques, impliqués dans la fabrication des emballages, et connus soit pour avoir des effets cancérogènes ou mutagènes, soit pour impacter le système reproductif ou endocrinien; 21 sont qualifiées de substances à très haut degré d’inquiétude («substances of very high concern», ou SVHC, en anglais), selon la régulation européenne des produits chimiques REACH.

«A l’époque, ce constat avait pour but d’ébranler les consciences», dit Jane Muncke, du FPF.

Depuis, plusieurs études ont été menées dans le monde.

L’une des plus récentes a été publiée le 1er février dans les Environmental Science&Technology Letters: dans un tiers des 400 emballages de fast-food américains collectés, les chercheurs du Silent Spring Institute ont retrouvé des composés fluorés persistants, utiles pour fabriquer des surfaces antiadhésives, mais aussi cancérogènes.

«La critique émise envers notre étude de 2014 était que nous ne démontrions pas la migration des substances incriminées dans les vivres», poursuit Jane Muncke.

La même remarque a été émise envers l’étude américaine précitée.

Les chercheurs du FPF ont alors replongé dans la littérature scientifique pour se focaliser sur dix SVHC.

Résultat: cinq se diffusent bel et bien des emballages dans la nourriture.

«Or si ces substances sont classées dangereuses selon REACH, à cause de leur impact sur l’environnement, elles ne sont pas forcément bannies selon la Régulation européenne sur les matériaux en contact avec la nourriture, qui prévaut dans leur cas», résume Jane Muncke.

Substituts tout aussi décriés

Trouver des composés alternatifs aux substances les plus nocives a jusqu’alors constitué la piste à suivre.

«Dès qu’une substance est sujette à caution, on tend à la remplacer par une autre, aux effets aussi méconnus», dit Patrick Edder.

Exemple: le bisphénol A (BPA), un perturbateur endocrinien naguère présent dans les plastiques alimentaires, aujourd’hui largement banni.

Or une étude publiée ce 28 février dans Nature Communications montre que des substituts du BPA induisent, eux, des problèmes de gestation, du moins chez les souris.

«Il est toujours préférable de mieux connaître son ennemi et qu’il soit bien réglementé qu’être confronté à des substances mal connues», conclut Patrick Edder.

Les entreprises de conditionnement ne sont de loin pas inactives, car c’est aussi dans leur intérêt.

Sachant que près de 90% des denrées alimentaires vendues en supermarchés sont conditionnées, faut-il tomber dans le fatalisme?

«En Suisse du moins, on a réellement identifié le problème, dit le chimiste cantonal genevois.

Et nous mettons notre énergie pour appliquer la législation en vigueur ou repérer de nouveaux soucis.

Par exemple en contrôlant que les aliments ne contiennent pas trop de contaminants provenant des encres utilisées dans les emballages en carton.»

Mais changer toute la chaîne de production du papier recyclé est très difficile, voire impossible, car il faudrait remonter jusqu’aux premiers producteurs d’imprimés.

«Cela dit, les entreprises de conditionnement ne sont de loin pas inactives, car c’est aussi dans leur intérêt», atteste Patrick Edder.

Pour Jane Muncke, mettre des régulations en place peut beaucoup aider, à l’image de celles sur les phtalates, qui ont permis de bien réduire leur utilisation. «Il s’agirait aussi de mieux rendre cohérentes les différentes régulations européennes concernées.

Et d’abord, au moins, d’interdire plus strictement les substances à très haut degré d’inquiétude.»

Les détaillants au défi de la lutte contre le suremballage

De nombreux efforts sont entrepris dans le commerce de détails pour limiter le recours aux emballages, notamment alimentaires.

La tâche ne s’avère cependant pas si facile qu’on peut l’imaginer

Critiqués du fait de leur impact sur l’environnement, les emballages sont aussi montrés du doigt pour leurs potentiels effets sur la santé.

Une nouvelle raison de lutter contre le suremballage.

Coop et Migros se réclament tous les deux d’objectifs ambitieux dans la matière.

Certains emballages sont repensés pour contenir moins de matière, comme les bouteilles d’eau Aproz de la Migros qui utilisent 10% de PET en moins que les anciennes.

La part de matériaux recyclés est également en progression.

«Certains efforts importants ne sont pas visibles pour les consommateurs: par exemple, Migros a remplacé les cartons de transport des bananes, qui étaient jetés, par des caisses réutilisables, ce qui permet d’économiser 75 000 tonnes de carton chaque année», souligne Tristan Cerf, porte-parole de la Migros.

Autre piste, la vente en vrac.

De nombreuses boutiques ont vu le jour en Suisse où es acheteurs apportent leurs propres contenants pour se fournir en céréales, légumineuses et autres fruits secs.

Dans les supermarchés généralistes, la tendance a encore du mal à s’imposer, à part dans le rayon traditionnel des fruits, légumes et noix.

«De nouvelles possibilités d’étendre la vente en vrac sont régulièrement évaluées, mais il y a des restrictions pour des raisons d’hygiène, indique Ramon Gander, porte-parole de la Coop.

Par ailleurs, nos clients peuvent apporter leurs récipients pour emballer des produits des rayons boucherie ou fromage, à condition que ces récipients ne soient pas susceptibles de se briser.»

On pourrait juger les efforts entrepris un peu timorés, alors que les enjeux environnementaux et sanitaires sont importants.

«Un réarrangement d’emballage ne se passe du jour au lendemain, car tout emballage doit répondre à différentes normes.

Sa fonction centrale est de protéger le mieux possible le produit d’une altération précoce ou d’une pollution, mais il doit aussi donner des renseignements sur le produit», fait-on valoir chez Migros.

Quant à savoir pourquoi les fruits et légumes bio se retrouvent quasi-systématiquement emballés dans un film plastique, quand ceux issus de l’agriculture traditionnels sont vendus en vrac, cela viendrait d’abord des directives bio, qui obligent les détaillants à séparer scrupuleusement ces deux types de produits.

Pascaline Minet

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4 mars 2017 6 04 /03 /mars /2017 08:25

le génome séquence de rickettsia prowazekii, l'agent causal du typhus, a été déterminé.

En quoi émerge qu'il est un instantané de génome dans une bactérie parasite et jette un nouveau regard sur la théorie évolutionniste entre rickettsia et mitochondrie

Anderson et al. le complet génome séquence (1,111,523 base paires) de rickettsia prowazekii, l'agent causal du typhus.

Cettecbactérie et ses parents représentent une des plus grandes ironies biologiques .

L'historique ancêtres de r. prowazekii est à l'origine certaine du plus grand fléau infligé à l'espèce humaine.

Mais c'est par ailleurs, un antécédent évolutionniste de de r. prowazekii qui participé à l'ensemble des événements qui a fécondé l'évolution des eukaryotes (noyau) - et la formation des mitochondries, organites cellulaires qui peuvent contenir leur propre dna et, pendant oxydatif du glucose, produire l'atp, énergie des cellules.

Avec le génome complet des séquence de r. prowazekii, nous peuvons maintenant examiner cette important évolution génétique pour indices quant à ce que fait r. prowazekii qui tel un grand tueur, a aussi permis à un de ses ancêtres de contribuer ainsi fondamentalement à l'émergence des eukaryotics cells en première analyse.

r. prowazekii est un parasite intracellulaire obligé - c'est-à-dire,qu' il peut seulement vivre au sein d'autres cellules. ses gène, comme cela arrive à d'autre parasites eubacteriens, a été réduit et adapté à son mode de vie dépendant .

Anderson et al.1 ont trouvé que ce génome de r. prowazekii encode 834 complet ouvert lecture cadres, dna séquences ce spécifier protéine séquences.

cette nombre est loin moins que le 4,288 protéine-codage gènes trouvé dans le quadruple plus génome de escherichia coli, ses libre-vivant cousin3.

cependant, r. prowazekiicontains dix fois autant de gènes comme le plus bactéries-comme mitochondrial génome décrit à ce jour, le 69,034-bp mitochondrial (mt) dna du d'eau douce protozoon reclinomonas americana 4.

étonnamment, le r. prowazekiigenome aussi contient le plus fraction de non-codage dna (24%) trouvé dans tout microbienne génome jusqu'à maintenant, beaucoup duquel mai représenter inactif gènes ce avoir été dégradé par mutation, mais avoir pas encore été éliminé de le génome. par comparant le séquences de bactérien et mitochondrial gènes, nous obtenir le mieux preuve ce rickettsia et mitochondries sont spécifique évolutionniste parents. évolutionniste arbres fondé sur petit-sous-unité ribosomal rna (ssu rrna) initialement mis en évidence membres du -division du ainsi-appelé 'violet bactéries' (proteobacteria) comme le le plus proche contemporain bactérien parents de mitochondria5. plus récent ssu rrna arbres diviser le -proteobacteria dans deux groupes, avec le rickettsial sous-division (à qui r. prowazekiibelongs) celui c'est-à-dire spécifiquement affilié avec mitochondria2 (figue. 1).

figure 1: relation entre le r.prowazekii génome et mitochondrial dna. le arbre montré est le -proteobacterial / mitochondrial (mt) partie de un eubacterial / organellar petit-sous-unité (ssu) ribosomal rna arbre. extrême différences dans le taux de mitochondrial séquence divergence sont responsable pour le séparation de mitochondries dans 'court-branche' (plantes, reclinomonas americana) et 'long-branche' groupes. (le analyse utilisé un alignés données ensemble de 275 publié eubacterial et organellar ssu rrna séquences, et le arbre a été généré utilisation dnadist de phylip version 3.5 (arbitre. 9) avec le ml option et par défaut parameters2. courtoisie de d. f. spencer, dalhousie université.) haut résolution image et légende (32k) pareils résultat est vu avec évolutionniste arbres fondé sur mitochondrial protéines encoded par le nucléaire genome6. tel nucléaire gènes sont supposé à avoir été transféré de mitochondries pendant le énergique vers le bas-dimensionnement ce caractérisé évolution du mitochondrial génome après il a été acquis par le eukaryotic cell2. dans leur analyse, andersson et al.1 construit évolutionniste arbres comparant le aminés-acide séquences encoded par mitochondrial et bactérien gènes impliqué dans énergie métabolisme (sous-unités de nadh déshydrogénase) et génétique processus (ribosomal protéines). fidèle à attente,

ces résultats montrer ce r. prowazekii est plus étroitement lié à mitochondries que est tout autre bactérie dont génome a été enquête à cette niveau de détail.

andersson et collègues à juste titre montrer ce le dnas de rickettsia et mitochondries sont "étourdissement exemples de hautement dérivés génomes, le produits de plusieurs modes de réductrice évolution". les deux manque gènes pour metabolizing sucres dans le absence de oxygène (anaérobie glycolyse), aussi comme tout ou la plupart du gènes impliqué dans synthèse aminés acides et nucléotides.

cependant, le r. prowazekiigenome contient un complet ensemble de gènes codage composants du tricarboxyclic acide cycle, un métabolique voie impliqué dans respiration, et respiratoire-chaîne complexes. un sous-ensemble de pareils gènes est trouvé dans mtdna, avec le reste dans le nucléaire génome. le fonctionnel profils de rickettsia et mitochondries sont remarquablement semblable, avec production de atp produisent dans fondamentalement pareils manière dans le deux systèmes. faire ces similitudes moyenne ce mitochondries évolué directement de un rickettsia -like organisme ce a été déjà hautement réduit?

le réponse est presque certainement aucun. si un compare le organisation de pareils gènes dans le r. prowazekii 1, e. coli 3 et reclinomonasmitochondrial4 génomes, vestiges de bactérien opéron organisation (gène clustering) sont encore clairement vu dans le reclinomonas mtdna. cependant, le reclinomonas mitochondrial et r. prowazekii génomes faire non spécifiquement partager tout dérivés caractéristiques de gène organisation; en effet, certain gène groupes sont unique réarrangés dans le rickettsia génome, parent à quoi a été probablement le ancestral bactérien ordre. ces comparaisons souligner le fait que le rickettsia et mitochondrial génomes indépendamment descendu de un -proteobacteria-comme ancêtre, chaque subissant un séparé processus de réductrice évolution. le observé congruence dans le fonctionnel profils de rickettsia et mitochondries est certainement fascinant, mais il reste etre vu si cette paraissant exemple de convergent évolution est plus que un coïncidence. par examen autre rickettsial génomes nous devrait apprendre plus sur génome réduction dans bactérien parasites, un difficile question dans ses propre droit. cependant, tel études sont peu probable à fournir plus information sur le nature du génome dans le plus récent commun ancêtre de mitochondries et le rickettsiae. tout le recherche continue pour les organismes avec mtdnas ce sont même plus ancestral que dans reclinomonas, il sera important à identifier et explorer le génomes de ces minimalement divergé, libre-vivant -proteobacteria ce sont spécifique mais plus lointain parents de les deux le rickettsiae et mitochondries. tel génomes devrait rendement supplémentaire indices pertinent à le origine et évolution de mitochondries, un processus c'est-à-dire central à le émergence de eukaryotic life7,8. Nature 396, 109-110 (12 November 1998) | doi:10.1038/24030 Rickettsia, typhus and the mitochondrial connection Michael W. Gray1 Topof page References Andersson, S. G. E. et al. Nature 396, 133–140 (1998). | Article | PubMed | ISI | ChemPort | Gray, M. W. & Spencer, D. F. in Evolution of Microbial Life (eds Roberts, D. McL., Sharp, P., Alderson, G. & Collins, M.) 109-126 (Cambridge Univ. Press, 1996). Blattner, F. R. et al. Science 277, 1453–1471 (1997). | Article | PubMed | ISI | ChemPort | Lang, B. F. et al. Nature 387, 493–497 (1997). | Article | PubMed | ISI | ChemPort | Yang, D. et al. Proc. Natl Acad. Sci. USA 82, 4443–4447 (1985). | PubMed | ChemPort | Viale, A. M. & Arakaki, A. K. FEBS Lett. 341, 146–151 (1994). | Article | PubMed | ISI | ChemPort | Margulis, L. Origin of Eukaryotic Cells (Yale Univ. Press, New Haven, Connecticut, 1970). Doolittle, W. F. in Evolution of Microbial Life(eds Roberts, D. McL., Sharp, P., Alderson, G. & Collins, M.) 1-21 (Cambridge Univ. Press, 1996). Felsenstein, J. Phylip (Phylogeny Inference Package) Version 3.5c (Univ. Washington, Seattle, 1993). Zinsser, H. Rats, Lice and History (Little, Brown, Boston, 1935). Snyder, J. C. in Cecil -Loeb Textbook of Medicine 11th edn (eds Beeson, P. B. & McDermott, W.) 121-136 (W. B. Saunders, Pennsylvania, 1963). Gross, L. Proc. Natl Acad. Sci. USA 93, 10539–10540(1996). | Article | PubMed | ChemPort | Topof page Michael W. Gray is at the Program in Evolutionary Biology, Canadian Institute for Advanced Research, Department of Biochemistry, Dalhousie University, Halifax, Nova Scotia B3H 4H7, Canada. e-mail: Email: M.W.Gray@Dal.Ca Topof page

http://www.nature.com/nature/journal/v396/n6707/full/396109a0.html

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4 mars 2017 6 04 /03 /mars /2017 07:56

Le génome de Rickettsia prowazekii et quelques réflexions sur l'origine des mitochondries et des hydrogénosomes.

Article de révision Müller M et al. Bioessays. 1999.

La séquence d'un génome alpha-protéobactérien, celle de Rickettsia prowazekii, est un progrès considérable dans la biologie microbienne et évolutive.

Le génome de ce parasite intracellulaire obligatoirement aérobie est petit et est apparemment encore en cours de réduction, ce qui reflète les pertes de gènes attribuables à son mode de vie parasitaire intracellulaire.

Les analyses évolutives des protéines codées dans le génome contiennent les plus fortes preuves phylogénétiques à ce jour pour la vue que les mitochondries descendent des alpha-protéobactéries.

Bien que Rickettsia et les génomes mitochondriaux sont fortement réduits, il semble que la réduction du génome dans ces lignées a eu lieu de façon indépendante.

Le génome de Rickettsia code pour une machine génératrice d'ATP qui est remarquablement similaire à celle des mitochondries aérobies.

Mais il ne code pas des homologues pour les voies de production d'ATP des mitochondries anaérobies ou des hydrogénosomes, laissant une question importante concernant l'origine et la nature du symbiont mitochondrial

ancestral non résolu.

PMID 10376009 [PubMed - indexé pour MEDLINE]

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/(SICI)1521-1878(199905)21:5%3C377::AID-BIES4%3E3.0.CO;2-W/abstract

http://www.nature.com/nature/journal/v396/n6707/full/396109a0.html

= Rickettsia, typhus and the mitochondrial connection : Article : Nature

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