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23 novembre 2014 7 23 /11 /novembre /2014 10:12
L’existence d’une flore intestinale est connue depuis plus d’un siècle. Grâce au développement des méthodes de culture en anaérobiose (mode de vie des micro-organismes n’ayant pas besoin d’oxygène), la mise au point de milieux spécifiques et de nouvelles technologies biomoléculaires, les scientifiques ont pu démontrer la prépondérance qualitative et quantitative de cette flore. Ces nouvelles méthodes ont étés misent au point grâce à une collaboration internationale au sein du consortium MetaHIT (The Meta-genomics of the Human Intestinal Tract) pilotée par l’Inra et impliquant des équipes du CEA, du CNRS et de l’Université d’Evry. Elles permettent de réduire considérablement la quantité d’éléments à analyser tout en délivrant des données de haute qualité, avec des résultats encore plus précis et plus rapides à obtenir. Les chercheurs ont ainsi pu reconstituer le génome complet de 238 bactéries intestinales dont 75% étaient jusqu’alors inconnues. Ces nouvelles méthodes ont permis de découvrir des fonctions essentielles du microbiote. Les scientifiques ont remarqué que nos microbes, dans nos intestins, permettaient de lutter contre les inflammations, les allergies, qu’ils renforçaient le système immunitaire et influençaient notre métabolisme. En plus, les scientifiques ont remarqué que ces microbes étaient capables de communiquer avec notre cerveau grâce à des molécules. Le microbiote intestinal en chiffres 100 000 milliards de bactéries 10 fois plus que le nombre de cellules de l’organisme 1 000 espèces différentes 1 à 2 kg 3,3 millions de gènes (150 fois plus de gènes que le génome humain) Le HMP (The Human Microbiome Project) aux Etats-Unis et le MetaHIT en Europe sont les 2 principales initiatives visant à caractériser les communautés microbiennes et d’établir une corrélation entre les modifications de la flore et la survenue de certaines maladies. A l’image des groupes sanguins, chaque individu héberge une composition bactérienne intestinale particulière, les entérotypes. 3 types d’entérotypes distincts, caractérisés par une population bactérienne prédominante ont été identifiés : Bacteroïdes, Prevotella et Ruminococcus. Il apparait que ces entérotypes sont indépendants de la géographie, du régime alimentaire à court terme ou de la couleur de la peau. L’entérotype 1 est dominé par Bacteroïdes. Il tire principalement son énergie à partir de la fermentation des sucres. Ce genre est riche en gènes codant pour la synthèse de la biotine. L’entérotype 2 est dominé par Prevotella. Il est riche en gènes codant pour la synthèse de la thiamine. Ce genre tire son énergie à partir de la biodégradation des glycoprotéines de mucines. L’entérotype 3 est dominé par Ruminococcus. Il est riche en gènes codant pour l’hème contrairement à ceux de l’entérotype Prevotella. Ruminococcus est également capable de dégrader les mucines. Malgré des liens étroits entre les genres Prevotella et Bacteroïdes, ils s’excluent mutuellement chez les personnes en bonne santé. Contrairement aux groupes sanguins qui restent immuables au cours de la vie, les 3 entérotypes du microbiote pourraient évoluer. Toutefois, le noyau central constitué de colonisateurs permanents évolue peu. Les recherches menées depuis quelques années sur le microbiote intestinal bouleversent totalement la vision de l’écosystème digestif humain, il participe au maintien de notre santé aussi bien physique que morale. En effet, de « simples digesteurs » de nourriture, ces bactéries sont devenues des acteurs majeurs dans la compréhension de certaines maladies telles que l’obésité, le diabète de type 2, la maladie de Crohn… On pourrait imaginer à l’avenir ces maladies avec des probiotiques ( c’est-à-dire des médicaments contenant des bactéries intestinales). Références ARUMUGAM M., RAES J., PELLETIER E. et al. Enterotypes of the human gut microbiome. Nature, 2011, 473 (7346), 174-180. Doi:10.1038/nature09944 CANI P.D. & DELZENNE N.M. The gut microbiome as therapeutic target. Pharmacology & Therapeutics, 2011, 130, 202-212. DRAGO L., TOSCANO M., RODIGHIERO V., De VECCHI E. & MOGNA G. Cultivable and pyrosequenced microflora in centenarians and young subjects. J. Clin. Gastroenterol., 2012, Oct. 46, Suppl. S81-S84. Doi: 10.1097/MCG.0b013e3182693982 KORECKA A. & ARULAMPALAM V. The gut microbiome: scourge, sentinel or spectator? Journal of oral Microbiology, 2012, 4, 9367-9380. Doi: 10.3402/jom.v4i0.9367 RAJILIC-STAJANOVIC M., HEILIG H.G., TIM S., ZOETENDAL E.G. & De VOS W.M. Long term monitoring of the human intestinal microbiota composition. Environ. Microbiol., 2013, 15 (4), 1146-1159. OTTMAN N., SMIDT H., DE VOS W. M., BELZER C. (2012). The function of our microbiota: who is out there and what do they do? Front. Cell. Inf. Microbio. 2:104.10.3389/fcimb.2012.00104 HENRIK BJØRN NIELSEN et al. A method for identifying metagenomic species and variable genetic elements by exhaustive co-abundance binning. Nature Biotechnology, 6 juillet 2014. DOI: 10.1038/nbt.2939 DELPHINE , 05/11/2014

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Published by Jean-Pierre LABLANCHY - CHRONIMED - dans Nutrition
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