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19 février 2015 4 19 /02 /février /2015 08:20
L'organisation de la chromatine façonne le paysage mutationnel du cancer Paz Polak Rosa Karlic Amnon Koren Robert Thurman Richard Sandstrom Michael S. Lawrence Alex Reynolds Eric Rynes Kristian Vlahoviček John A. Stamatoyannopoulos Shamil R. Sunyaev Le cancer est une maladie potentialisée par des mutations dans les cellules somatiques. Les mutations cancéreuses ne sont pas réparties uniformément le long du génome humain. Au lieu de cela, les différentes régions génomiques humaines varient du simple au quintuple par la densité locale du cancer mutations1 somatique, posant un problème fondamental pour les méthodes statistiques utilisées dans la génomique du cancer. L'organisation Épigénomique a été proposée comme déterminant majeur du paysage de la mutation de cancer. Toutefois, les deux mutagenèses somatiques et leur fonctionnalités épigénomiques sont très liées a un type de cellule spécifique. Nous avons étudié la distribution des mutations dans plusieurs échantillons indépendants de divers types de cancer et les comparons à la cellule-spécifique de type épigénomique caractéristique. Ici, nous montrons que l'accessibilité de la chromatine et de sa modification, ainsi que le moment de réplication, expliquent jusqu'à 86% de la variance dans les taux de mutation le long de génomes du cancer. Les meilleurs prédicteurs de la densité de mutation somatique locale sont des caractéristiques épigénomiques dérivés de type cellulaire le plus probable de l'origine de la tumeur correspondante. En outre, on constate que les caractéristiques des cellules d'origine sur la chromatine sont des déterminants beaucoup plus forts de profils de mutation de cancer que les caractéristiques de lignées cellulaires de cancer appariés pour la chromatine. En outre, nous montrons que le type d'origine d'un cancer pour des cellules peut être précisément déterminée en se basant sur la distribution des mutations le long de son génome. Ainsi, la séquence d'ADN d'un génome de cancer englobe une multitude d'informations sur l'identité et les caractéristiques épigénomiques de sa cellule d'origine. Sujets: génomique du cancer Article intégral sur http://www.nature.com/nature/journal/v518/n7539/full/nature14221.html?WT.ec_id=NATURE-20150219

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Published by Jean-Pierre LABLANCHY - CHRONIMED - dans Concept
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