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22 janvier 2013 2 22 /01 /janvier /2013 08:01
De l'utilité clinique du diagnostic génétique par puces à ADN en pédiatrie L'hybridation génomique comparative sur puce à ADN, en anglais CGH array [aCGH], a une meilleure résolution que le caryotype classique pour analyser les chromosomes. Elle détecte des pertes et des gains de matériel chromosomique de moins d'une mégabase, les variations en nombre de copies [CNV], et diagnostique un certain nombre d'affections constitutionnelles à caryotype normal. Une étude rétrospective suggère qu'un diagnostic génétique par aCGH pourrait améliorer la prise en charge et le pronostic de plus d'une centaine d'affections. Sur une période de sept ans et demi (2004-2011) un laboratoire de génétique a effectué 46 298 analyses chromosomiques par aCGH sur des prélèvements postnataux d'enfants. Pour la première moitié des examens, les sondes fixées sur les puces étaient des BAC (chromosomes bactériens artificiels), pour la seconde moitié des oligonucléotides. Les CNV ont permis d'identifier 2 088 cas d'affections constitutionnelles « améliorables» : - des syndromes dus à des microdélétions (par ex., les délétions 1p36, 1q21.1 distale, 7q11.23 -syndrome de Williams-, 15q11.2-q13 -syndromes de Prader-Willi et Angelman-, 22q11.2 -syndrome de Di George-) ou à des microduplications (par ex., la microduplication 22q11.21), - mais aussi des prédispositions au cancer (par ex., la polypose juvénile) et des affections dues à des mutations de gènes à effet de dose (par ex., le syndrome du QT long). Le caryotype classique aurait méconnu 94 % des cas « améliorables» (1968 /2088) car la taille des segments d'ADN intéressés était inférieure à 10 mégabases, sa limite de résolution. Avec les puces à oligonucléotides, très performantes, le rendement de l'aCGH a atteint 5,4 % (1 259 cas « améliorables» pour 23 156 examens). L'aCGH détectant des CNV dans 15,4 % des examens, on peut estimer que 35 % des examens positifs sont cliniquement utiles. La question de l'utilité clinique du diagnostic génétique par aCGH a été posée aux médecins qui s'occupaient de 112 cas « améliorables». Le taux de réponse a été de 66 %. D'après 94 % des réponses, une ou plusieurs actions ont été entreprises au vu du résultat de l'examen. Faut-il demander en première intention une hybridation génomique comparative sur puce à ADN plutôt qu'un caryotype pour une analyse non ciblée des chromosomes des enfants qui présentent des malformations congénitales, une dysmorphie, un retard mental et/ou un autisme ? L'utilité clinique des diagnostics génétiques fournis par l'aCGH plaide en faveur de cette technique plus coûteuse. Toutefois, l'aCGH ne détecte pas les translocations équilibrées, qui, il est vrai, sont des évènements plus rares et moins pathogènes que les microdélétions et les microduplications. 21/01/13 (JIM) Dr Jean-Marc Retbi

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Published by Chronimed - dans Concept
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