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10 septembre 2015 4 10 /09 /septembre /2015 14:55

Infection des tissus : une

PCR pour un diagnostic ultra-rapide

Le diagnostic d’infection pourrait être rendu en 3 minutes 30, selon une étude

californienne publiée en ligne dans « Science Advances ». L’équipe dirigée

par Dustin Harschman a mis au point une nouvelle méthode de diagnostic

moléculaire, la DOTS qPCR, qui aurait de grands avantages par rapport à la

méthode actuelle par PCR : plus rapide, plus efficace et moins chère. « Nous

avons développé un type de système complètement différent de ce qui existe

sur le marché », explique Dustin Harschman, premier auteur et aujourd’hui

scientifique pour Ventana Medical Systems, une filiale du laboratoire Roche

spécialisée dans le diagnostic tissulaire.

Les scientifiques ont développé une machine PCR, ou thermocycleur,

beaucoup plus efficace que celle utilisée en pratique aujourd’hui. Le

thermocycleur a pour fonction d’amplifier l’ADN bactérien, qui est dans le

prélèvement tissulaire infecté. Pour ses expérimentations, l’équipe a utilisé un

modèle porcin d’endocardite en prélevant les valves cardiaques. Ces

prélèvements valvulaires ont été inoculés par l’une des trois bactéries,

E. faecalis sensible à la vancomycine, E. faecium résistant à la vancomycine

et K. pneumaniae. « Avec la DOTS qPCR, nous sommes capables de détecter

l’amplification et d’identifier l’infection après seulement 4 cycles thermiques,

alors que les autres méthodes fonctionnent avec de 18 à 30 », détaille Jeong-

Yeol Yoon, professeur dans le département d’ingénierie biomédicale à

l’université de l’Arizona et auteur senior.

Un smartphone pour lire le résultat

La nouvelle machine consiste à mesurer la « silhouette » d’une goutte

biologique en fonction de la température. Pour cela, l’outil s’y prend en

mesurant les infimes changements en tension de surface de la goutte

hydrophile suspendue dans un milieu huileux. « C’est la première utilisation

des effets d’interface pour détecter l’amplification par PCR », soulignent les

auteurs. La goutte hydrophile, qui contient l’ADN à amplifier, bouge selon un

gradient de température dans l’huile. Au fur et à mesure de l’amplification

des copies d’ADN, ces dernières se dirigent vers l’interface huile-eau, ce qui

entraîne les fameux changements de tension d’interface. C’est un détail qui

pourra se révéler très pratique, la taille de la goutte peut être mesurée à l’aide

d’un smartphone branché sur la machine. Autre avantage, le système peut

fonctionner avec des prélèvements contaminés, « relativement sales », insiste

le Pr Yoon.

« Nous concevons un outil qui donnera les réponses aux médecins dès qu’ils

ont réalisé une biopsie, alors qu’ils sont encore au chevet du patient, poursuit

le chercheur Harschman. En faisant gagner du temps pour le diagnostic, on

peut diminuer le risque de complications pour les patients, identifier les

infections pour éviter la dissémination, et éviter de créer une pression de

sélection pour les bactéries antibio-résistantes, ce qui est un énorme sujet de

préoccupation pour le monde médical. »

Dr Irène Drogou 07.09.2015

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Published by Jean-Pierre LABLANCHY - CHRONIMED - dans Infections froides
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